Auto-entrepreneur : comment bien choisir et utiliser son logiciel de facturation ?

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En tant qu’auto-entrepreneur, vous avez l’obligation d’émettre une facture à vos clients professionnels pour chaque vente de bien ou prestation de service. Avec la réforme sur la facturation électronique à venir (dès 2026 pour certaines entreprises), il est d’autant plus crucial de choisir son logiciel de facturation.

Mais entre la diversité des offres et les besoins spécifiques à chaque activité, comment s’y retrouver ? Dans cet article, nous vous expliquons comment faire le bon choix et utiliser efficacement son logiciel au quotidien.

Différentes solutions de facturation pour un auto-entrepreneur

Sur le marché, il existe de nombreux logiciels adaptés aux besoins des micro-entreprises. Nous distinguons 3 grandes catégories de logiciels de facturation pour auto-entrepreneurs !

1- Les logiciels de facturation gratuits

Ces solutions sont idéales pour débuter. Des plateformes comme Indy, Henrri, Facture.net ou encore Zervant proposent des versions gratuites permettant de créer des devis et factures, de gérer un carnet de clients et d’exporter les documents. Attention, certaines fonctionnalités avancées (rappels automatiques, relances, personnalisation poussée) peuvent être payantes.

2- Les logiciels de facturation spécialisés

Certains éditeurs se sont concentrés spécifiquement sur les besoins des micro-entreprises. Ces outils proposent une interface simple et intuitive, une gestion de la TVA (si applicable), un suivi du chiffre d’affaires et parfois même une aide à la déclaration URSSAF. Leur coût est souvent modeste, adapté à un petit budget.

3- Les solutions de comptabilité

Pour ceux qui souhaitent aller au-delà de la facturation, des solutions de comptabilité comme Indy intègrent une large gamme de fonctionnalités :

  • Synchronisation bancaire ;
  • Catégorisation automatique des transactions ;
  • Suivi du flux de trésorerie en temps réel ;
  • Édition et personnalisation des devis et factures avec pré-remplissage de certaines mentions obligatoires ;
  • Établissement du livre des recettes ;
  • Pré-remplissage des déclarations fiscales (2042-C-PRO, URSSAF…) ;
  • Et bien plus encore !

Ces outils sont plus complets et tout aussi intuitifs. Leur coût est parfois avantageux : par exemple, Indy propose une formule gratuite (comprenant le module de facturation) et une formule payante dès 12€ par mois seulement. Ils conviennent mieux aux auto-entrepreneurs qui facturent beaucoup ou prévoient d’évoluer vers un autre statut juridique (comme l’entreprise individuelle).

choisir logiciel auto entreprise

Il existe de nombreux critères pour vous aider à choisir le bon logiciel de facturation.

Le bon choix d’un logiciel de facturation

Choisir son logiciel de facturation n’est pas un choix à prendre à la légère. Plusieurs critères doivent être pris en compte !

1- La conformité légale

Depuis la loi anti-fraude à la TVA de 2018, même les auto-entrepreneurs doivent veiller à ce que leur logiciel garantisse l’inaltérabilité, la sécurisation, la conservation et l’archivage des données. Assurez-vous que le logiciel que vous choisissez respecte bien ces critères. De plus, à partir de 2026, la facturation électronique deviendra progressivement obligatoire pour toutes les entreprises. Optez donc pour un outil qui sera conforme à la réglementation.

2- L’ergonomie et la facilité d’utilisation

Un bon logiciel doit être simple à prendre en main. En tant qu’auto-entrepreneur, vous n’avez pas forcément le temps de vous former à des systèmes complexes. Privilégiez une interface intuitive et claire.

3- Les fonctionnalités proposées

Ensuite, vérifiez si le logiciel permet :

  • La création et la personnalisation de devis et factures ;
  • L’envoi direct par mail ;
  • Le suivi des paiements et relances automatiques ;
  • La synchronisation bancaire ;
  • La gestion de la TVA si vous y êtes assujetti ;
  • Etc.

4- Le prix

Certains outils gratuits suffisent pour une petite activité mais si vous avez des besoins plus complets, alors investir dans un outil payant semble préférable. Quoi qu’il en soit, comparez les tarifs d’une dizaine d’offres.

5- Les avis des utilisateurs

Avant de vous engager, consultez les retours d’autres auto-entrepreneurs sur les plateformes d’évaluation (Trustpilot, App Store, Google, etc.). Les avis clients permettent de se faire une idée concrète de la fiabilité du logiciel, de la réactivité du support client et de la qualité des mises à jour. Un outil très bien noté et recommandé par vos pairs est souvent gage de fiabilité.

Comment l’utiliser au quotidien ?

Pour utiliser votre logiciel de facturation pour auto-entrepreneur efficacement, nous vous conseillons d’émettre vos factures rapidement après chaque mission puis de vous assurer du bon respect des échéances de paiement. Activez également les relances automatiques si proposées par le logiciel.

Ensuite, nous vous recommandons de contrôler régulièrement vos données : factures envoyées, paiements reçus, montants déclarés… Vérifiez chaque mois la cohérence entre vos factures et vos encaissements. Mettez également à jour vos informations client et produits/services si nécessaire. Pour finir, préparez vos déclarations URSSAF à l’avance à partir des données du logiciel. Cela vous évitera les erreurs et garantira une gestion fluide et conforme de votre activité.

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